学校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中医进修学校，1960年云南中医学院正式挂牌成立，是全国第二批成立的高等中医药本科院校，1986年获硕士学位授予权，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年成为博士学位授予单位，同年更名为云南中医药大学，成为国家中医药临床研究基地。学校秉承“崇德和合、博学敦行”的校训精神，已发展成为以中医药为主体、民族医药为特色，以本科教育为基础，研究生教育规模不断扩大，继续教育和对外教育呈现良好态势，医、理、工、管多学科协调发展的综合性中医药院校。

学校现有呈贡和白塔（含和平村）两个校区，总占地面积778.78 亩，总建筑面积33.42 万平方米。

截至2023年2月3日，学校有全日制学生1.5万余人。其中，本科生1.3万余人，硕士研究生2275人，博士研究生32人，留学生181人。有11个学院、2个公共课教学部。有17个国家中医药管理局重点学科、14个省级重点学科，1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点；省级立项建设4个博士学位授权点，4个硕士学位授权点。有25个本科专业，其中，4个国家一流专业建设点，2个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业，12个省级一流专业建设点，3个省级综合改革试点专业，5个省级特色专业，2个云南八大重点产业引领品牌专业，200余项省级以上质量工程项目。有实践教学基地140余个，其中，直属附属医院2所，非直属附属医院13所。现有纸本藏书110余万册，是国家教育信息化试点单位。

学校现有在职在编教职工851人，其中博士人数236人，占在职在编教职工比例为27.73%，硕士人数455人，占在职在编教职工比例为53.47%，学历、学缘、职称结构合理。有博士研究生导师31人，享受国务院政府特殊津贴专家8人，国家有突出贡献优秀专业技术人员1人，全国名中医3人，岐黄学者1人，青年岐黄学者1人，国家卫计委突出贡献中青年专家1人，卫生部有突出贡献的中青年专家1人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人，全国中医药高校教学名师1人，云南省兴滇英才支持计划一层次4人、二层次38人，云南省有突出贡献优秀专业技术人员二等奖2人，云南省有突出贡献优秀专业技术人员三等奖12人，享受云南省政府特殊津贴专家19人，云南省中青年学术和技术带头人21人、后备人才13人；技术创新人才4人、培养对象3人；云南省国医名师4人、名中医36人、荣誉名中医32人；云南省中医药领军人才及培养对象8人、云南省中医药学科带头人及培养对象17人，云南省中医药后备人才26人;云南省优秀青年中医4人；宁夏回族自治区“国内引才312计划”1人、云南省第一期会计领军人才（行政事业类）1人;全国中医药创新骨干人才培养对象3人、全国中医护理骨干人才4人，全国中医临床优秀人才及培养对象11人，全国中医临床特色技术传承骨干人才培养对象2人，全国中药特色技术人才及培养对象5人，全国中医药特色技术传承人才1人，全国西学中骨干人才培养对象1人，中医药国际化人才培养对象4人，全国中医药行业会计领军人才及培养对象4人，全国青年档案业务骨干1人，云南省知识产权高层次人才1人。聘请129名国内外知名教授和专家担任名誉校长、客座教授、名誉教授。

60余年来，几代名医名家倾囊相授，潜心育人，培养了8.9万名中医药专门人才。有的植根云岭，造福桑梓，有的远涉重洋，光大中医，涌现出中国工程院院士、国家科技进步一等奖、何梁何利奖获得者朱兆云；旅法中医专家、时空针灸创始人、法国荣誉军团骑士勋章获得者朱勉生；军中国医名师宁亚功；中国中医科学院首席研究员、广安门医院原院长王阶；全国民族团结进步先进个人陈本善；中国人民大学教授、教育部高校思想政治理论课教师、2014年度影响力标兵人物王向明等一大批享誉国内外的杰出校友。

学校聚焦民族医药、滇南医药、南药研究三大科研集群，拥有省级重点实验室3个、工程（技术）研究中心3个、中医药临床评价研究中心1个，工程实验室1个、公共科技服务平台2个，省级创新团队5个，省级新型研发机构1个。有国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，院士专家工作站及站点18个，省级2011协同创新中心2个，国家中医临床研究基地1个，省哲学社会科学研究基地1个，省技术转移示范机构1个，省高校重点实验室和工程中心21个，省高校科技创新团队15个。推进校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妆品第三方检测、临床评价研究、健康产品研发、中医药知识产权战略运营中心”四大平台，弥补云南生物医药和大健康产业科研平台短板。与省药监局共建云南省中医药产业发展研究院、与省科技厅共同设立“云南省科学技术厅 云南中医药大学应用基础研究联合专项资金”，是云南省中医药政策研究中心，中国中医科学院中医药数据中心云南分中心，云南省民族医药保护与产业发展研究基地。

学校建有世界唯一的中医西学博物馆；2017年7月，国家汉办批准设立“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”。建有云南省中医药民族医药博物馆，是国家中医药文化宣传教育基地、云南省科普教育基地。早在1990年就代表中国与西班牙合作办学，建立了“加泰罗尼亚-云南中医学院”，开创了中国中医药领域海外办学的先河，被载入全国中医药高等教育60年史册；成立“澜沧江—湄公河传统医药学院”，持续开展国际传统医药人才培养。从2007年发起并连续主办10届“大湄公河次区域传统医药论坛”；在此基础上，学校又于 2016年、2018年、2022年举办了3届“澜沧江—湄公河传统医药学术交流会”。先后获批“中国-缅甸中医药中心”和 “中国—老挝中医药中心”2个国家级海外中医药中心，在中医西学研究方面独树一帜。举办10届中医西学国际论坛。为“中华文化走出去”提供了有益的借鉴。学校先后与30多个国家或地区建立了交流合作关系，是商务部认证的“中医药服务贸易出口基地”、国家卫健委批准建立的中医药健康服务国际合作基地（云南）、云南省中医药国际教育基地、国际科技合作基地，已成为南亚东南亚区域最有影响力的国际传统医药教育交流合作平台。

欣逢盛世，中医药迎来了天时、地利、人和的大好发展时机。2022年11月召开的云南中医药大学第一次党代会提出，今后五年学校工作的总体思路是：坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，全面贯彻新发展理念，紧紧围绕党的二十大和省第十一次党代会提出的奋斗目标，牢记为党育人、为国育才使命，落实立德树人根本任务，以推动高质量发展为主线，以培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人为宗旨，以深化体制机制改革为动力，实施党建系统工程，促进中医药传承创新发展，开辟一条以中医药为主体，民族医药、国际化教育为特色的内涵发展之路，全面提高学校人才培养质量，全面提升在云南经济社会发展中的贡献度，全面扩大在高等中医药教育中的影响力，奋力迈进西部高等中医药院校先进行列。